Algorithmes d'apprentissage automatique

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Questions and Answers

Parmi les suivants, lequel n'est PAS un type de réparation de l'ADN?

  • Réparation sujette aux erreurs
  • Réparation par excision de base (correct)
  • Réparation directe
  • Réparation d'appariement incorrect

Laquelle des propositions suivantes décrit le mieux les transposons?

  • Séquences d'ADN qui se déplacent d'un endroit à un autre dans le même ou dans une molécule différente. (correct)
  • Séquences d'ADN qui ne peuvent se déplacer d'un endroit à un autre.
  • Séquences d'ARN qui catalysent les réactions.
  • Protéines qui régulent l'expression génique.

Laquelle des situations suivantes conduirait à l'activation de l'opéron lac?

  • Présence de glucose et absence de lactose.
  • Présence de faibles niveaux de glucose et présence de lactose. (correct)
  • Absence de glucose et absence de lactose.
  • Présence de niveaux élevés de glucose et de lactose.

Lors du transfert horizontal de gènes chez les procaryotes, quel processus implique le transfert d'ADN d'une bactérie à une autre par un bactériophage ?

<p>Transduction (D)</p> Signup and view all the answers

Quel type de mutation implique un changement dans une seule paire de bases?

<p>Mutation ponctuelle (C)</p> Signup and view all the answers

Comment les ARN régulateurs peuvent-ils contrôler l'expression génique ?

<p>En se liant à l'ARNm complémentaire et en inhibant sa traduction. (B)</p> Signup and view all the answers

Laquelle des caractéristiques suivantes décrit le mieux les mutations induites?

<p>Les mutations résultant de l'exposition à des mutagènes. (A)</p> Signup and view all the answers

Quel rôle joue la protéine CAP (catabolism activator protein) dans la régulation de l'opéron lac?

<p>Elle améliore la transcription de l'opéron lac en présence de faibles niveaux de glucose. (B)</p> Signup and view all the answers

Les mutations faux-sens se traduisent par quoi ?

<p>Un changement dans un seul acide aminé dans la protéine. (C)</p> Signup and view all the answers

Laquelle des conditions suivantes décrit le mieux la compétence d'une cellule lors de la transformation ?

<p>La capacité de capter l'ADN environnemental. (C)</p> Signup and view all the answers

Flashcards

Mutagènes

Substances qui provoquent des mutations. Exemples : radiations, produits chimiques.

Réparation de l'ADN

Méthodes cellulaires pour réparer l'ADN endommagé.

Recombinaison génétique

Échange de séquences nucléotidiques entre séquences homologues.

Transfert horizontal de gènes

Transfert de gènes entre procaryotes.

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Transformation (génétique)

Les cellules captent l'ADN directement.

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Transduction (génétique)

Un bactériophage transfère l'ADN d'une bactérie à une autre.

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Opéron lac

L'opéron lac contient des gènes importants pour le catabolisme du lactose.

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ARN régulateurs

Les molécules d'ARN peuvent contrôler la traduction.

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Mutation (génétique)

Un changement dans la séquence de bases nucléotidiques d'un génome.

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Mutations ponctuelles

Une seule paire de bases est affectée.

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Study Notes

Algorithmes d'apprentissage automatique

* Les algorithmes d'apprentissage automatique peuvent être classés en apprentissage supervisé et non supervisé.

Apprentissage supervisé

* L'apprentissage supervisé implique l'utilisation de données étiquetées pour entraîner des modèles afin de faire des prédictions.

Régression linéaire

  • La régression linéaire prédit des valeurs continues en utilisant une relation linéaire entre les variables.
  • Le modèle linéaire est exprimé comme $\hat{y} = \beta_0 + \beta_1 x_1 + \dots + \beta_n x_n$, où $\hat{y}$ est la valeur prédite, $\beta$ sont les coefficients et $x$ sont les variables d'entrée.
  • L'objectif de la régression linéaire est de minimiser l'erreur quadratique moyenne (MSE).
  • Le modèle est simple et interprétable.
  • La régression linéaire suppose une relation linéaire et est sensible aux valeurs extrêmes.

Régression polynomiale

  • La régression polynomiale est une extension de la régression linéaire pour modéliser les relations non linéaires.
  • Le modèle polynomial est exprimé comme $\hat{y} = \beta_0 + \beta_1 x + \beta_2 x^2 + \dots + \beta_d x^d$, où $d$ est le degré du polynôme.
  • Elle peut modéliser des relations complexes.
  • Le risque de surapprentissage est présent, l'interprétation rendue ardue.

Arbres de décision

  • Les arbres de décision divisent l'espace de caractéristiques en régions en fonction d'une série de décisions binaires.
  • Ils sont faciles à interpréter et peuvent saisir des non-linéarités.
  • Ils ont tendance au surapprentissage et sont potentiellement instables.

Forêts aléatoires

  • Les forêts aléatoires utilisent un ensemble d'arbres de décision pour améliorer la généralisation et réduire le surapprentissage.
  • Elles se révèlent robustes, performantes.
  • Elles sont moins interprétables que les arbres de décision seuls.

Machines à vecteurs de support (SVM)

  • Les SVM trouvent l'hyperplan optimal pour séparer des classes.
  • Les SVM peuvent utiliser des fonctions de noyau pour gérer les données non linéaires.
  • Elles sont efficaces dans les espaces à haute dimension et offrent une bonne généralisation.
  • Le calcul peut être coûteux, le choix du noyau essentiel.

Apprentissage non supervisé

  • L'apprentissage non supervisé utilise des données non étiquetées pour découvrir des schémas et des structures.

K-Means

  • L'algorithme K-Means divise les données en K groupes en minimisant la variance intra-cluster.
  • Il est relativement simple et rapide.
  • Il peut être sensible à l'initialisation et requiert la spécification du nombre de clusters (K).

Analyse des composantes principales (ACP)

  • L'ACP réduit la dimensionnalité en projetant les données sur les composantes principales, préservant ainsi la variance maximale.
  • L'ACP peut réduire la complexité et faciliter la visualisation des données.
  • Avec l'ACP, des pertes d'informations sont à prendre en compte, et l'interprétation des composantes peut être ardue.

Mesures d'évaluation

  • Des mesures d'évaluation sont utilisées pour évaluer la performance des modèles d'apprentissage automatique.

Régression

  • Erreur quadratique moyenne (MSE) : $\frac{1}{n} \sum_{i=1}^{n} (y_i - \hat{y}_i)^2$
  • Erreur absolue moyenne (MAE) : $\frac{1}{n} \sum_{i=1}^{n} |y_i - \hat{y}_i|$
  • Coefficient de détermination ($R^2$) : $1 - \frac{\sum_{i=1}^{n} (y_i - \hat{y}i)^2}{\sum{i=1}^{n} (y_i - \bar{y})^2}$

Classification

  • Précision (Accuracy) : $\frac{VP + VN}{VP + VN + FP + FN}$
  • Rappel (Recall) : $\frac{VP}{VP + FN}$
  • Précision (Precision) : $\frac{VP}{VP + FP}$
  • Score F1 (F1-Score) : $2 \cdot \frac{Precision \cdot Recall}{Precision + Recall}$
  • Courbe ROC et AUC

*VP : Vrai positifs, VN : Vrai négatifs, FP : Faux positifs, FN : Faux négatifs.

Expressions régulières

Concepts de base

* Une expression régulière est un modèle ou une expression utilisé pour faire correspondre un ensemble de chaînes qui correspondent au modèle.

  • **Chaîne de caractères ** : Une séquence de symboles finie provenant d’un alphabet donné.
  • **Alphabet ** : Un ensemble fini de symboles.
  • **Expression régulière ** : Manière de décrire un ensemble de chaînes de caractères (langue régulière).

Notation d’expression régulière

  • Concaténation : abc
  • Alternance : a|b
  • Itération : a*

Classes de caractères étendues

  • \d - Chiffre (0-9)
  • \D - Non-chiffre
  • \w - Caractère alphanumérique (a-z, A-Z, 0-9, _)
  • \W - Caractère non-alphanumérique
  • \s - Caractère d’espace blanc (espace, tabulation, nouvelle ligne)
  • \S - Caractère non d’espace blanc
  • . - Tout caractère (sauf la nouvelle ligne)

Quantificateurs

  • ? - 0 ou 1 occurrence
  • * - 0 ou plusieurs occurrences
  • + - 1 ou plusieurs occurrences
  • {n} - Exactement n occurrences
  • {n,} - Au moins n occurrences
  • {n,m} - Au moins n et au plus m occurrences

Ancrages

  • ^ - Début de la chaîne de caractères
  • $ - Fin de la chaîne de caractères
  • \b - Limite du mot
  • \B - Pas de limite du mot

Groupes

  • `()` - Regroupement et capture
  • `(?:)` - Regroupement sans capture
  • `1`,`2`... - Rétro-références aux groupes capturés

Exemples

  • Adresse e-mail : \w+@\w+\.\w+
  • Numéro de téléphone : \d{3}-\d{3}-\d{3}
  • Adresse IP : \d{1,3}\.\d{1,3}\.\d{1,3}\.\d{1,3}

Travailler avec des expressions régulières

  • Outils :
  • `grep` - Recherche dans des fichiers
  • `sed` - Modification de texte
  • Langages de programmation (Python, Java, C#...)

Expressions régulières dans Python

import re
## recherche
match = re.search(r"pattern", "string")
if match:
    print(match.group(0))
## remplacement
new_string = re.sub(r"pattern", "replacement", "string")
## fractionnement de chaîne
list_of_strings = re.split(r"pattern", "string")

Compiler une expression régulière

pattern = re.compile(r"pattern")
match = pattern.search("string")

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