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Questions and Answers
Parmi les suivants, lequel n'est PAS un type de réparation de l'ADN?
Parmi les suivants, lequel n'est PAS un type de réparation de l'ADN?
- Réparation sujette aux erreurs
- Réparation par excision de base (correct)
- Réparation directe
- Réparation d'appariement incorrect
Laquelle des propositions suivantes décrit le mieux les transposons?
Laquelle des propositions suivantes décrit le mieux les transposons?
- Séquences d'ADN qui se déplacent d'un endroit à un autre dans le même ou dans une molécule différente. (correct)
- Séquences d'ADN qui ne peuvent se déplacer d'un endroit à un autre.
- Séquences d'ARN qui catalysent les réactions.
- Protéines qui régulent l'expression génique.
Laquelle des situations suivantes conduirait à l'activation de l'opéron lac?
Laquelle des situations suivantes conduirait à l'activation de l'opéron lac?
- Présence de glucose et absence de lactose.
- Présence de faibles niveaux de glucose et présence de lactose. (correct)
- Absence de glucose et absence de lactose.
- Présence de niveaux élevés de glucose et de lactose.
Lors du transfert horizontal de gènes chez les procaryotes, quel processus implique le transfert d'ADN d'une bactérie à une autre par un bactériophage ?
Lors du transfert horizontal de gènes chez les procaryotes, quel processus implique le transfert d'ADN d'une bactérie à une autre par un bactériophage ?
Quel type de mutation implique un changement dans une seule paire de bases?
Quel type de mutation implique un changement dans une seule paire de bases?
Comment les ARN régulateurs peuvent-ils contrôler l'expression génique ?
Comment les ARN régulateurs peuvent-ils contrôler l'expression génique ?
Laquelle des caractéristiques suivantes décrit le mieux les mutations induites?
Laquelle des caractéristiques suivantes décrit le mieux les mutations induites?
Quel rôle joue la protéine CAP (catabolism activator protein) dans la régulation de l'opéron lac?
Quel rôle joue la protéine CAP (catabolism activator protein) dans la régulation de l'opéron lac?
Les mutations faux-sens se traduisent par quoi ?
Les mutations faux-sens se traduisent par quoi ?
Laquelle des conditions suivantes décrit le mieux la compétence d'une cellule lors de la transformation ?
Laquelle des conditions suivantes décrit le mieux la compétence d'une cellule lors de la transformation ?
Flashcards
Mutagènes
Mutagènes
Substances qui provoquent des mutations. Exemples : radiations, produits chimiques.
Réparation de l'ADN
Réparation de l'ADN
Méthodes cellulaires pour réparer l'ADN endommagé.
Recombinaison génétique
Recombinaison génétique
Échange de séquences nucléotidiques entre séquences homologues.
Transfert horizontal de gènes
Transfert horizontal de gènes
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Transformation (génétique)
Transformation (génétique)
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Transduction (génétique)
Transduction (génétique)
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Opéron lac
Opéron lac
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ARN régulateurs
ARN régulateurs
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Mutation (génétique)
Mutation (génétique)
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Mutations ponctuelles
Mutations ponctuelles
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Study Notes
Algorithmes d'apprentissage automatique
* Les algorithmes d'apprentissage automatique peuvent être classés en apprentissage supervisé et non supervisé.
Apprentissage supervisé
* L'apprentissage supervisé implique l'utilisation de données étiquetées pour entraîner des modèles afin de faire des prédictions.
Régression linéaire
- La régression linéaire prédit des valeurs continues en utilisant une relation linéaire entre les variables.
- Le modèle linéaire est exprimé comme $\hat{y} = \beta_0 + \beta_1 x_1 + \dots + \beta_n x_n$, où $\hat{y}$ est la valeur prédite, $\beta$ sont les coefficients et $x$ sont les variables d'entrée.
- L'objectif de la régression linéaire est de minimiser l'erreur quadratique moyenne (MSE).
- Le modèle est simple et interprétable.
- La régression linéaire suppose une relation linéaire et est sensible aux valeurs extrêmes.
Régression polynomiale
- La régression polynomiale est une extension de la régression linéaire pour modéliser les relations non linéaires.
- Le modèle polynomial est exprimé comme $\hat{y} = \beta_0 + \beta_1 x + \beta_2 x^2 + \dots + \beta_d x^d$, où $d$ est le degré du polynôme.
- Elle peut modéliser des relations complexes.
- Le risque de surapprentissage est présent, l'interprétation rendue ardue.
Arbres de décision
- Les arbres de décision divisent l'espace de caractéristiques en régions en fonction d'une série de décisions binaires.
- Ils sont faciles à interpréter et peuvent saisir des non-linéarités.
- Ils ont tendance au surapprentissage et sont potentiellement instables.
Forêts aléatoires
- Les forêts aléatoires utilisent un ensemble d'arbres de décision pour améliorer la généralisation et réduire le surapprentissage.
- Elles se révèlent robustes, performantes.
- Elles sont moins interprétables que les arbres de décision seuls.
Machines à vecteurs de support (SVM)
- Les SVM trouvent l'hyperplan optimal pour séparer des classes.
- Les SVM peuvent utiliser des fonctions de noyau pour gérer les données non linéaires.
- Elles sont efficaces dans les espaces à haute dimension et offrent une bonne généralisation.
- Le calcul peut être coûteux, le choix du noyau essentiel.
Apprentissage non supervisé
- L'apprentissage non supervisé utilise des données non étiquetées pour découvrir des schémas et des structures.
K-Means
- L'algorithme K-Means divise les données en K groupes en minimisant la variance intra-cluster.
- Il est relativement simple et rapide.
- Il peut être sensible à l'initialisation et requiert la spécification du nombre de clusters (K).
Analyse des composantes principales (ACP)
- L'ACP réduit la dimensionnalité en projetant les données sur les composantes principales, préservant ainsi la variance maximale.
- L'ACP peut réduire la complexité et faciliter la visualisation des données.
- Avec l'ACP, des pertes d'informations sont à prendre en compte, et l'interprétation des composantes peut être ardue.
Mesures d'évaluation
- Des mesures d'évaluation sont utilisées pour évaluer la performance des modèles d'apprentissage automatique.
Régression
- Erreur quadratique moyenne (MSE) : $\frac{1}{n} \sum_{i=1}^{n} (y_i - \hat{y}_i)^2$
- Erreur absolue moyenne (MAE) : $\frac{1}{n} \sum_{i=1}^{n} |y_i - \hat{y}_i|$
- Coefficient de détermination ($R^2$) : $1 - \frac{\sum_{i=1}^{n} (y_i - \hat{y}i)^2}{\sum{i=1}^{n} (y_i - \bar{y})^2}$
Classification
- Précision (Accuracy) : $\frac{VP + VN}{VP + VN + FP + FN}$
- Rappel (Recall) : $\frac{VP}{VP + FN}$
- Précision (Precision) : $\frac{VP}{VP + FP}$
- Score F1 (F1-Score) : $2 \cdot \frac{Precision \cdot Recall}{Precision + Recall}$
- Courbe ROC et AUC
*VP : Vrai positifs, VN : Vrai négatifs, FP : Faux positifs, FN : Faux négatifs.
Expressions régulières
Concepts de base
* Une expression régulière est un modèle ou une expression utilisé pour faire correspondre un ensemble de chaînes qui correspondent au modèle.
- **Chaîne de caractères ** : Une séquence de symboles finie provenant d’un alphabet donné.
- **Alphabet ** : Un ensemble fini de symboles.
- **Expression régulière ** : Manière de décrire un ensemble de chaînes de caractères (langue régulière).
Notation d’expression régulière
- Concaténation :
abc
- Alternance :
a|b
- Itération :
a*
Classes de caractères étendues
\d
- Chiffre (0-9)\D
- Non-chiffre\w
- Caractère alphanumérique (a-z, A-Z, 0-9, _)\W
- Caractère non-alphanumérique\s
- Caractère d’espace blanc (espace, tabulation, nouvelle ligne)\S
- Caractère non d’espace blanc.
- Tout caractère (sauf la nouvelle ligne)
Quantificateurs
?
- 0 ou 1 occurrence*
- 0 ou plusieurs occurrences+
- 1 ou plusieurs occurrences{n}
- Exactement n occurrences{n,}
- Au moins n occurrences{n,m}
- Au moins n et au plus m occurrences
Ancrages
^
- Début de la chaîne de caractères$
- Fin de la chaîne de caractères\b
- Limite du mot\B
- Pas de limite du mot
Groupes
- `()` - Regroupement et capture
- `(?:)` - Regroupement sans capture
- `1`,`2`... - Rétro-références aux groupes capturés
Exemples
- Adresse e-mail :
\w+@\w+\.\w+
- Numéro de téléphone :
\d{3}-\d{3}-\d{3}
- Adresse IP :
\d{1,3}\.\d{1,3}\.\d{1,3}\.\d{1,3}
Travailler avec des expressions régulières
- Outils :
- `grep` - Recherche dans des fichiers
- `sed` - Modification de texte
- Langages de programmation (Python, Java, C#...)
Expressions régulières dans Python
import re
## recherche
match = re.search(r"pattern", "string")
if match:
print(match.group(0))
## remplacement
new_string = re.sub(r"pattern", "replacement", "string")
## fractionnement de chaîne
list_of_strings = re.split(r"pattern", "string")
Compiler une expression régulière
pattern = re.compile(r"pattern")
match = pattern.search("string")
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