Acidi Nucleici e Nucleotidi

Molecole biologiche che contengono le informazioni genetiche di un organismo. Sono costituite da catene di nucleotidi.

Unità monomeriche che formano gli acidi nucleici. Sono composti da uno zucchero pentoso, una base azotata e uno o più gruppi fosfato.

Lo zucchero pentoso presente nel DNA. Differisce dal ribosio per la mancanza di un atomo di ossigeno sul carbonio 2'.

Lo zucchero pentoso presente nell'RNA.

Componente del nucleotide che contiene azoto. Negli acidi nucleici troviamo adenina (A), guanina (G), citosina (C), timina (T) e uracile (U).

La parte più ampia della doppia elica del DNA, accessibile alle proteine.

La forma a spirale di alcune proteine, che permette loro di interagire con il solco maggiore del DNA.

Il legame specifico tra proteine e DNA, mediante il riconoscimento di sequenze di basi esposte nel solco maggiore.

La struttura della doppia elica del DNA è influenzata dagli ambienti polari e apolari.

Lo scheletro zucchero-fosfato del DNA, che interagisce bene con l'acqua (polare).

Le basi del DNA, che non interagiscono bene con l'acqua (apolari).

Le basi azotate del DNA sono disposte in modo planare e sovrapposte, formando un'impilamento verticale.

La linea immaginaria che attraversa il centro della doppia elica del DNA.

Nel DNA e nell'RNA, lo zucchero può essere deossiribosio o ribosio.

Il legame che unisce una base azotata allo zucchero in un nucleoside.

L'alternanza di zuccheri (deossiribosio o ribosio) e gruppi fosfato che formano la struttura principale di un DNA o un RNA.

Il legame che unisce un gruppo fosfato al carbonio 5' di uno zucchero e al carbonio 3' dello zucchero successivo in un polinucleotide.

I nucleotidi sono legati uno all'altro mediante legami fosfodiestere tra il fosfato in posizione 5' di un nucleotide e il carbonio in posizione 3' del nucleotide successivo. Questo crea una catena polinucleotidica.

Lo scheletro di zucchero-fosfato è una struttura ripetuta che forma la spina dorsale di una molecola di DNA. Ogni unità si compone di uno zucchero desossiribosio legato a un gruppo fosfato.

I legami fosfodiesterici collegano le unità di zucchero-fosfato, creando una catena polinucleotidica. Questi legami si formano tra il gruppo fosfato di un nucleotide e il gruppo ossidrile (OH) dello zucchero del nucleotide successivo.

La direzione di una catena di DNA è definita dalla posizione dei gruppi fosfato e degli zuccheri. La sequenza inizia con un gruppo fosfato legato al carbonio 5' dello zucchero e termina con un gruppo ossidrile libero legato al carbonio 3' dello zucchero.

L'adenina è una purina che si lega alla timina (T) mediante due legami idrogeno.

La timina è una pirimidina che si lega all'adenina (A) mediante due legami idrogeno.

La guanina è una purina che si lega alla citosina (C) mediante tre legami idrogeno.

La citosina è una pirimidina che si lega alla guanina (G) mediante tre legami idrogeno.

Il carbonio 3' è libero in una catena di DNA. Ciò significa che il carbonio 3' non è impegnato in un legame fosfodiesterico.

Il carbonio 5' e il carbonio 3' liberi indicano che la catena di DNA non è legata ad altre catene.

La struttura a spirale del DNA, formata da due catene polinucleotidiche antiparallele tenute insieme da legami idrogeno tra le basi azotate.

Legame debole che si forma tra le basi azotate complementari (Adenina-Timina, Guanina-Citosina) nelle due catene del DNA.

Le coppie di basi azotate che si legano nel DNA: Adenina (A) con Timina (T) e Guanina (G) con Citosina (C).

Le estremità di una catena di DNA, indicate con 5' e 3' in base alla posizione del carbonio dello zucchero pentoso.

Una forma alternativa del DNA, con una struttura a zig-zag, che si differenzia dalla forma B per la disposizione dei nucleotidi.

Il fenomeno per cui le basi azotate (A e T) si allontanano dalla doppia elica del DNA durante il passaggio tra la forma B e la forma Z.

Un tipo di interazione non canonica tra basi azotate nel DNA, che si verifica in alcune forme alternative del DNA.

Una forma del DNA destrorsa, meno comune della forma B, con 11 coppie di basi per giro di elica, un passo di 25 Å e un diametro di 23 Å. È più 'tarchiata' rispetto alla forma B.

Una forma del DNA sinistrorsa, con un diametro di 18 Å e un passo di 46 Å, quindi è più 'magra e allungata' rispetto alla forma B. È la forma più particolare.

L'umidità relativa e la sequenza di basi possono influenzare la forma del DNA. Ad esempio, in condizioni di bassa umidità, il DNA assume la forma A.

La forma A ha un'angolazione maggiore tra le coppie di basi e l'asse della doppia elica, ha 11 coppie di basi per giro, un passo più corto e un diametro più piccolo.

La forma Z è sinistrorsa, ha un diametro minore e un passo più lungo rispetto alle forme A e B. È spesso associata a sequenze alternate di guanina e citosina.

La forma A è presente in vivo nel DNA/RNA ibrido e nel RNA duplex, a causa della presenza di un -OH sul ribosio.

È stato dimostrato che una piccola percentuale del DNA nelle cellule è in forma Z. Alcune proteine si legano specificamente a tratti di DNA in forma Z.

La distanza verticale tra due coppie di basi consecutive lungo l'asse dell'elica del DNA. Varia a seconda della forma del DNA.